Gereja di Indonesia terbagi dua, yaitu gereja Katolik dan gereja Kristen. Gereja Kristen di Indonesia, terlepas dari fakta bahwa Kristen sendiri merupakan agama minoritas, diperkirakan dimulai pada abad ke-12, dimana kaum Kristen Mesir mencatat bahwa ada beberapa gereja Kristen yang didirikan di Barus, daerah pantai barat Sumatra Utara yang merupakan sebuah pos perdagangan yang sering didatangi oleh saudagar India dan karena hal itu dikaitkan dengan Saint Thomas Christian yang ada di India. Meski begitu, tak ada bukti bahwa Kristen pernah tiba sebelum datangnya saudagar Portugis di abad ke-16. Untuk gereja Katolik, mulai muncul juga ketika pada awal abad ke-14, lewat misi Katolik Roma untuk mencapai Indonesia yang dipimpin oleh Mattiussi yang mengunjungi Sumatra, Jawa, dan Banjarmasin.
Awal Perkembangan Gereja di Indonesia
Sejarah munculnya gereja di Indonesia dari sisi Kristen dimulai ketika orang-orang Portugis tiba di Kesultanan Malaka yang kini menjadi Malaysia pada tahun 1509 demi mencari kekayaan yang mereka punya. Awalnya, hubungan mereka berjalan baik hingga terjadi penundukkan Goa dan beberapa konflik antara Muslim dan Kristen yang menyebabkan kaum-kaum Muslim di Malaka berpendapat bahwa kedatangan Kristen Portugis hanya akan membawa masalah bagi mereka. Yang memperparah kejadian ini adalah penundukan Malaka, dimana kejadian tadi dinilai menjadi titik balik yang membuat seluruh umat Muslim Malaka menciptakan suatu sentimen yang melawan Kristen Portugis. Perlawanan juga muncul dari umat Muslim di Aceh, dan juga kekaisaran Ottoman. Meskipun pihak Portugis berhasil membangun beberapa gereja, kedatangan mereka di Malaka lebih dinilai sebagai kesan negatif dibandingkan tujuan awal mereka untuk mempromosikan agama tersebut.
Sejarah munculnya gereja di Indonesia dari sisi Kristen dimulai ketika orang-orang Portugis tiba di Kesultanan Malaka yang kini menjadi Malaysia pada tahun 1509 demi mencari kekayaan yang mereka punya. Awalnya, hubungan mereka berjalan baik hingga terjadi penundukkan Goa dan beberapa konflik antara Muslim dan Kristen yang menyebabkan kaum-kaum Muslim di Malaka berpendapat bahwa kedatangan Kristen Portugis hanya akan membawa masalah bagi mereka. Yang memperparah kejadian ini adalah penundukan Malaka, dimana kejadian tadi dinilai menjadi titik balik yang membuat seluruh umat Muslim Malaka menciptakan suatu sentimen yang melawan Kristen Portugis. Perlawanan juga muncul dari umat Muslim di Aceh, dan juga kekaisaran Ottoman. Meskipun pihak Portugis berhasil membangun beberapa gereja, kedatangan mereka di Malaka lebih dinilai sebagai kesan negatif dibandingkan tujuan awal mereka untuk mempromosikan agama tersebut.
Di sisi Katolik, Mattiussi yang merupakan seorang biksu Italia mengaku bahwa ia ditugaskan oleh sang Paus untuk berlayar dari Padua menuju Sumatra sebelum akhirnya tiba di Jawa dan Banjarmasin. Misi ini dimulai pada tahun 1318, dan diakhiri dengan kepulangannya melalui darat melintasi Tiongkok, Vietnam, serta Eropa ditahun 1330. Di catatan yang ia buat, tertulis juga sebuah kerajaan Jawa yang memiliki corak Hindu-Buddha, seperti pada Majapahit. Misi tersebut dinilai sebagai misi pionir, dimana karena misi ini gereja Katolik bisa memiliki Informasi tentang kondisi Asia, dimana pada waktu itu belum ada sama sekali pengaruh agama Katolik di benua tersebut.
Ketika terjadi pendudukan Malaka pada tahun 1511 oleh pihak Portugis, misionaris Katolik juga seketika tiba di daerah itu. Salah satu dari yang paling terkenal dan penting dalam perkembangan sejarah gereja di Indonesia adalah Francis Xavier. Ketika orang-orang Portugis diusir keluar Ternate pada tahun 1574, banyak umat Katolik di daerah tersebut yang dibunuh atau secara paksa diubah keyakinannya menjadi Islam. Pada tahun 1605, orang-orang Katolik yang masih tersisa dipaksa lagi untuk menganut ajaran baru, yaitu Protestan. Baru pada tahun 1808 dibawah pimpinan Daendels, umat Katolik diberikan kebebasan untuk menganut agama mereka sendiri.
Kembali menelusuri sejarah gereja Kristen adalah ketika pada tahun 1972, seorang asli Bali yang bernama I Wayan Mastra memeluk agama Kristen ketika ia sedang bersekolah di sekolah Kristen di pulau Jawa. Ia kemudian menjadi ketua GKPB dan memulai proses Balinisasi, dimana ia mencoba membuat gereja-gereja Kristen di Bali menjadi lebih terbuka akan budaya-budaya Bali, mengikuti gereja Katolik Bali yang sudah terlebih dahulu melakukan hal seperti itu.
Sejarah gereja di Indonesia terutama gereja Katolik kembali mengalami perubahan ketika pada tahun 1896, seorang pendeta dari Belanda yang bernama Frans van Lith datang ke Muntilan, Jawa Tengah. Awalnya, apapun yang ia coba tidak berakhir baik namun akhirnya pada tahun 1904 ada 4 pemuka kota yang berasal dari Kalibawang datang ke rumahnya dan meminta pengajaran tentang agama yang ia bawa. Pada tanggal 15 Desember di tahun yang sama, 178 masyarakat Jawa akhirnya dibaptis di daerah Semagun. Selain itu, Van Lith juga mendirikan sekolah untuk guru di Muntilan dimana sekolah ini diberi nama Normaalschool pada tahun 1900 dan berubah menjadi Kweekschool pada 1904. Pada tahun 1911, Van Lith kembali mendirikan Seminari Menengah yang berhasil mencetak orang-orang penting di sejarah Katolik Indonesia yaitu FX Satiman SJ, Albertus Soegijapranata SJ, dan Adrianus Djajasepoetra SJ.
Gereja Kristen sendiri, meskipun agamanya tetap menjadi minoritas di berbagai daerah, tidak berhenti menyebarkan ajarannya. Sehingga pada tahun enampuluhan, banyak penganut komunisme dan masyarakat Tiongkok yang beralih ke Kristen karena adanya jargon anti-komunis dan anti-Confucian. Pada masa-masa ini juga mulai banyak dibuat sekolah-sekolah Kristen yang mengajarkan tentang agama tersebut. Hingga saat ini, Gereja Kristen masih terus berusaha untuk berkembang lebih pesat dari perkembangannya sebelumnya.
Uskup pertama di gereja Katolik Indonesia adalah Albertus Soegijapranata SJ yang diangkat pada tahun 1940. Delapan tahun berikutnya pada di 20 Desember, dua penganut bernama Sandjaja serta Hermanus Bouwens dibunuh di sebuah desa yang bernama Kembaran, dimana akhirnya Sandjaja dinilai adalah martir dari gereja Katolik di Indonesia. Beberapa pahlawan Indonesia yang terkenal juga merupakan seorang penganut Katolik seperti Agustinus Adisoetjipto, Ignatius Slamet Riyadi, dan Yos Soedarso. Mungkin fakta-fakta ini juga lah yang membuat sejarah gereja di Indonesia, terutama gereja Katolik berkembang dengan sangat pesat. Meski begitu, pada tahun 1990-an dan awal tahun 2000 terjadi sebuah kerusuhan yang menargetkan para penganut Katolik dan Kristen. Untungnya pada saat itu, Abdurrahman Wahid yang menjadi pemimpin Nahdatul Ulama mampu menekan antipati yang ada diantara pihak dengan agama yang berbeda-beda itu.